Masallı ərazisində qədim insanlar 15-20 min il bundan əvvəl yaşamışlar. Abasqulu Ağa Bakıxanovun "Gülüstani-İrəm" (1841), Mirzə Seyidəli Kazımbəy oğlunun "Cavahirnameyi Lənkəran" (1896), səlnaməçi Mirzə Əhməd Mirzə Xudaverdi oğlunun"Əxbarnamə" (1882) əsərlərində, həmçinin bir sıra Avropa və rus səyyahlarının səyahətnamə qeydlərində Masallının tarixinə dair qiymətli məlumatlar öz əksini tapmışdır.
Bəzi tarixi mənbələrdə qeyd olunur ki, yaşayış məntəqəsinin sakinləri İranın "Masal" əyalətindən köçüb gəldiklərindən bu yer Masallı adlandırılmışdır. Beləliklə, "Masallı" toponimində "Masal" -Yer ərazi "Lı" isə məkan bildirən şəkilçidir.
Masallı antik dövrdə Midiya, Midiya-Atropatena, sonralar Qafqaz Albaniyasının Kaspiana vilayətinin, XVI-XVIII əsrin ortalarına qədər Səfəvilər dövlətinin, XVIII əsrin ortalarından Lənkəran xanlığının tərkibində olmuşdur. XIX əsrin ortalarında Astara, Lənkəran, Lerik, Masallı, Yardımlı vəCəlilabad rayonlarının ərazisi Lənkəran qəzası adlanırdı. 08 avqust 1930-cu ildə Masallı inzibati rayonu yaradıldı və Masallının adı respublika xəritəsinə rayon mərkəzi kimi daxil oldu.
Qədim tarixə, zəngin mədəniyyətə malik, intellektual səviyyəsi yüksək olan Masallıya maraq tarixin müəyyən dövrlərindən artmağa başlamışdır. Görkəmli siyasi xadimlərin, dövlət və mədəniyyət adamlarının Masallıya gəlişi məhz belə bir münasibətin ifadəsi idi. 1274-cü ildə Səfəvilər sülaləsinin banisi Şeyx Səfiəddinin, 1501-ci ildə Şah İsmayıl Xətainin Ərkivan kəndində, görkəmli dövlət xadimi, yazıçı Nəriman Nərimanovun 1922-ci ildə Masallıda və onun bir sıra kəndlərində olması barədə çoxlu əsərlərdə yazılara rast gəlmək olur. Doktor N.Nərimanov Masallıda olarkən bu ərazinin təbii imkanları və üstünlüklərindən danışmaqla yanaşı, həm də taxılçılığı və çəltikçiliyi inkişaf etdirməyi vacib saymışdır. Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyev iki dəfə Masallıda olub. Prezident İlham Əliyev bir neçə dəfə Masallıya səfər etmişdir.